Qualsiasi azienda che voglia intraprendere un'attività di produzione, preparazione, commercializzazione e importazione di prodotti agricoli biologici deve sottoporsi ad una procedura di controllo che richiede alcune fasi specifiche::
- compilazione della notifica di attività con metodo biologico ed invio tramite posta raccomandata AR all'Organismo di controllo ed ai competenti Uffici regionali (nel caso di aziende importatrici, direttamente al Ministero delle Politiche Agricole e Forestali); 

- dopo viene effettuato un controllo ispettivo da parte dell'Organismo di controllo all'azienda produttrice durante la quale viene verificata la conformità dei siti produttivi a quanto previsto dal Regolamento(CE) 2092/91 e successive modificazioni ed integrazioni; 
- In base ai risultati ottenuti e riscontrati viene redatto un documento denominato "Relazione di Ispezione Fase di Avvio", che contiene tutte le informazioni utili alla Commissione di Certificazione per esprimere il giudizio di idoneità; 
- la Commissione di Certificazione decide sull'ammissione o meno dell'azienda nel sistema di controllo; 
- le aziende idonee entrano a far parte dell'elenco delle aziende controllate sulle quali, in base ad un Piano Preventivo dei Controlli Annuali (PPCA) redatto dal Responsabile Attività di Controllo ed approvato, vengono compiute una o più volte l'anno delle visite di sorveglianza che analizzano il grado di mantenimento delle condizioni di idoneità e la completa applicazione di quanto previsto dal Regolamento(CE) 2092/91 e successive modificazioni ed integrazioni; 
- l'azienda riceverà tutta la documentazione necessaria a comprovare la sua adesione al sistema di produzione biologica: dichiarazione di assoggettamento, dichiarazione di conformità, certificazione di lotto prodotto, autorizzazione alla stampa di etichette.

Per la certificazione delle produzioni come "Prodotto da agricoltura biologica", l'azienda agricola deve aver rispettato le norme dell'agricoltura biologica per un periodo, definito "di conversione all'agricoltura biologica", di almeno due anni prima della semina o, nel caso delle colture perenni diverse dai prati, di almeno tre anni prima del raccolto. La data iniziale del computo di tale periodo è quella di notifica.

Prima che sia trascorso l'intero periodo di conversione, ma comunque non prima di 12 mesi dalla data iniziale, le produzioni possono essere certificate come "Prodotto in conversione all'agricoltura biologica".
In certi casi il periodo di conversione può essere prolungato o abbreviato, per l'intera azienda o per parte di essa, tenuto conto dell'utilizzazione anteriore degli appezzamenti.
Trascorso il periodo di conversione le produzioni potranno essere certificate con la dicitura "Prodotto da agricoltura biologica".

elaborazione dal  sito ufficiale del Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali